有机抗菌剂与无机抗菌剂相比较，其抗菌原理有相似之处，亦有不同。

      有机抗菌剂按其结构主要分为了季铵盐类抗菌剂，胍类(PHMB)抗菌剂，卤胺类抗菌剂和高分子类抗菌剂等四大类。

      其抗菌机理主要是季铵盐类物质在一定的pH中，会形成阳离子。阳离子会吸附细菌中的负离子物质如细胞膜中的负离子物质或细菌代谢中的带负电荷的中间产物，从而破坏细菌的细胞壁、细胞膜结构或者合成系统，从而抑制细菌的繁殖或者直接杀死细菌。其抗菌原理与无机抗菌剂相似，只是阳离子本身不同。

      卤胺类抗菌剂的抗菌原理主要是因为其本身具有很强的氧化性能。卤胺化合物的强氧化性可以使细菌等的蛋白质变性，同时其细胞膜的巯基也会被氧化，起到破坏细菌细胞膜和细菌的正常代谢，抑制进而杀死细菌。其抗菌原理与无机抗菌剂相似，其抗菌性能会逐渐减弱，直至丧失，这是不同之处。但经过氧化处理后，又可恢复抗菌性，可以反复使用。因此多用在医疗器械、用品等环境中。

      高分子类抗菌剂则是把以上具有抗菌性的结构单元嫁接于高分子长链中，拓宽了抗菌剂的使用范围或增强了抗菌剂的杀菌性能，其抗菌原理与以上其一相同。